При продаже недвижимости, находившейся в собственности не более трех лет, разрешается уменьшить полученный доход на сумму расходов, включая материнский капитал. Соответствующие разъяснения Минфина приведены в письме ФНС от 22 июля 2014 года.

Материнский капитал, который был направлен на приобретение недвижимости, является расходом налогоплательщика. Поэтому вместо права на вычет можно уменьшить доходы, облагаемые НДФЛ, на фактические расходы. Это только необходимо подтвердить соответствующими документами. 
Так, при продаже имущества, находившегося в собственности меньше трех лет, физическое лицо может либо воспользоваться налоговым вычетом в сумме до 1 млн. рублей, либо уменьшить доход от продажи на расходы, в том числе на сумму материнского капитала.